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我校学者发现原核Argonaute系统介导免疫响应新机制
作者:刘顺航编辑:彭士宁审核:发布时间:2023-11-03

11月1日,我校农业微生物资源发掘与利用全国重点实验室、洪山实验室、生命科学技术学院益生菌智造创新团队韩文元教授课题组在Nature Communications杂志发表了题为“Catalytically inactive long prokaryotic Argonaute systems employ distinct effectors to confer immunity via abortive infection”的研究论文。文章报道了新型原核生物long-B Argonaute (long-B pAgo) 系统免疫功能的最新研究成果。研究表明long-B pAgo与核酸酶、Sir2家族蛋白或膜蛋白在遗传和功能上关联。其中,long-B pAgo-核酸酶系统在向导RNA的介导下识别靶标DNA,激活其关联核酸酶非特异性切割基因组DNA,杀死被入侵的细胞,通过引发流产感染以抵御外源遗传元件的入侵。该研究首次发现了一个以特异性核酸识别激活非特异性核酸降解的 pAgo 系统,为基于pAgo系统的生物技术工具开发提供了新机遇。

图1 Long-B pAgo与其关联蛋白的系统进化分析

图1 Long-B pAgo与其关联蛋白的系统进化分析

为抵御外源遗传元件的入侵,微生物进化出了多种多样的免疫系统。例如,CRISPR/Cas系统可以通过识别并降解入侵的外源遗传元件的DNA来为宿主提供免疫保护,并在基因编辑、核酸检测等领域广泛应用。Ago蛋白作为一类可以在向导核酸介导下结合或切割靶标核酸的蛋白,近年来也得到了较多关注。真核生物Ago(eAgo)蛋白可以在向导RNA的介导下切割靶标RNA,在体内参与抵御病毒和转座子的入侵、基因表达调控等过程。相较于eAgo,pAgo具有更高的多样性。根据其结构特征和系统进化分析,pAgo可分为long-A、long-B和short pAgo三个亚家族。Long-B pAgo具有完整的Ago蛋白结构域,但其PIWI结构域的核酸酶活性缺失,仅具有向导RNA介导的靶标DNA结合活性,其功能研究尚属空白。

图2 EcAgo在识别靶标DNA后激活bAgaN的核酸酶活性

图2 EcAgo在识别靶标DNA后激活bAgaN的核酸酶活性

研究人员对long-B pAgo进行系统进化分析,发现了几种保守的long-B pAgo系统,其基因簇中分别编码核酸酶、Sir2家族蛋白、跨膜蛋白、VirE-N家族蛋白等(图1)。研究人员首先选取了来源于大肠杆菌CAP29菌株的long-B pAgo系统,其基因簇中编码一个long-B pAgo蛋白(EcAgo)以及一个核酸酶(bAgaN),命名为BPAN系统。研究分析了EcAgo和bAgaN的生化性质,发现EcAgo可以在5’P-RNA介导下结合靶标ssDNA;bAgaN是一种非特异性的DNase,且可以切割提取自大肠杆菌的质粒和基因组DNA。为了探究BPAN系统在体内的生理功能,研究人员在大肠杆菌模式菌株中表达BPAN系统,发现BPAN系统能够特异性识别含有CloDF13复制子的外源遗传元件,在向导RNA的指导下识别靶标DNA后激活效应蛋白bAgaN(图2),降解细胞基因组DNA,导致细胞死亡,从而清除群体中被外源遗传元件入侵的细胞,这是一种抗质粒的流产感染免疫响应。其作用模式与一些III型、V型、VI型CRISPR/Cas系统类似,意味着pAgo系统可能与CRISPR/Cas系统存在趋同进化,也表明BPAN系统具有被开发成核酸检测或其他序列特异性技术的潜力。

此外,研究还表征了另外两种较为保守的long-B pAgo系统,其基因簇中编码的关联蛋白分别为Sir2家族蛋白和跨膜蛋白。其中,long-B pAgo及其关联Sir2家族蛋白(BPAS)系统,也可以识别CloDF13复制子,通过降解细胞内的NAD+引发流产感染。Long-B pAgo及其关联膜蛋白(BPAM)系统则通过一种暂时未知的模式激活。

综上所述,本研究证明了long-B pAgo与其关联蛋白共同作用,在识别入侵核酸后激活相关效应物,引发流产感染免疫响应,从而为宿主提供免疫保护。这与之前报道的short pAgo系统,如SiAgo、SPARTA和SPARSA系统类似,表明不具有核酸酶活性的pAgo系统可能广泛的通过这种机制发挥免疫功能。

生命科学技术学院博士研究生宋欣密、雷晟、刘艳楸、硕士研究生刘顺航为文章共同第一作者,韩文元教授为通讯作者。山东大学佘群新教授、中国科学院微生物研究所李明研究员也参与了部分研究工作。本研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、洪山实验室基金等项目的支持。

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